司马迁祖辈都担任着史官，他的父亲司马谈任汉朝的太史令。司马迁38岁时（即父亲去世后三年）在丞相的举荐下继任父职。司马迁42岁那年，汉武帝下令实行太初历，他开始着手写作《史记》。司马迁夜以继日地写作，几年以后，写出了《史记》的部分手稿。司马迁把它呈给武帝，武帝翻阅后大发雷霆。因为司马迁在书稿中毫不避讳地记载了武帝的过失和错误。武帝的宠妃懿妃曾经想让司马迁为她写赋，司马迁拒绝了她，所以对司马迁怀恨在心，这个时候便趁机向武帝进谗言说：“听说司马迁恃才自傲，自比圣人，根本不把陛下放在眼里。”武帝立即召集文武大臣，向司马迁问罪。大臣们都沉默着不说话，只有一位大臣因受懿妃的指使而极力怂恿武帝严惩司马迁。但是老丞相仗义为司马迁求情，御史大夫也支持丞相，武帝便只好从轻发落，责令司马迁重新修改《史记》。

司马迁痛苦愤怒之下要辞官：“不求苟活于世，但求无愧于心！”当他来到父亲灵位禀告时，想起了对父亲的承诺：“一定要完成老人家著史的遗愿！”于是，他下定决心忍辱发愤，对《史记》进行修改，将历史的事实分散写在诸多章节中。不久，汉军北伐匈奴胜利而归，武帝吩咐司马迁将此事记入史书。司马迁本来只为卫青立传，但是经过调查，发现李广威武无敌，战功显赫，却含恨而死，决定也为他立传。有人提醒司马迁：“你这样做，只怕又会招来祸端。”司马迁一笑置之，坚持为李广作传。

司马迁正在写《李广转》时，一个朋友来看他，顺手拿起刚写出的部分手稿看起来，朋友发现，司马迁对李广打仗退敌、脱险、射虎等细节，写得神采飞扬，但后面又写李广心胸不宽，公报私仇，于是就问司马迁：“你后面这样写李广，不是有损他的形象吗？”司马迁说道：“我写历史，真实是第一原则，不能以个人好恶而隐匿真相。”

《李广转》写得文辞华美，武帝看后非常满意。但是懿妃却无事生非，说道：“李广如此勇猛善战，战功如此卓著，然而却未能封侯，而且在战场上只让他起辅助作用，这不是批评朝廷用人不当吗？还有他自刎而死，这不是说朝廷逼害忠良吗？”

时隔不久，李陵兵败被俘，投降了匈奴。武帝盛怒之下，下令诛杀其全家。有一武将冒死求情，武帝也将其斩首。于是，文武百官没有人敢为李陵说话。武帝命令司马迁将此事写入史书，以警后世。

司马迁四处寻访考究，得知李家世代忠良，一心为国，李陵投降匈奴也是为了救所属士兵的性命。司马迁又找到李陵的旧部，得到了第一手资料。于是，他心里有了底，毅然决然要写出真相，坚决不能让忠良之人蒙受不白之冤。

他的朋友又提醒他，说：“这件事情要三思而后行，不然，可能会招来杀身之祸。”但是司马迁却不改变初衷。他说：“先父在世，曾经谆谆教导我，‘史须采实，著史须以事实为准’，我也深知此理。所以，我怎么能违背父训和良知，不让事实真相大白于天下呢？”

武帝看了司马迁的手稿以后，立刻下令将司马迁投入大牢，定为死刑。后来连同丞相在内的诸多大臣为司马迁求情，武帝才赦免了他的死罪，但条件是要求司马迁用钱财或接受宫刑来代替死罪。

这让司马迁无可奈何：钱财——家徒四壁，没有钱可用来抵押；宫刑——士可杀不可辱，无法接受！他就只有等着被处死。

这天夜里，司马迁前思后想，久久不能入睡。天快亮时，迷迷糊糊地睡着了，梦见父亲言之谆谆地对他说：“忍辱方能负重！我辈著史，只为传真相于后世。你如此撒手而去，谁能担著史之重任？”司马迁惊醒了，陷入了沉思……司马迁接受了残酷的宫刑，从此以后他忍辱负重，发愤写作，终于完成了不朽的史学巨著——《史记》。